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📰 Les sols gelĂ©s, la cachette d’une grande diversitĂ© de virus gĂ©ants

📰 Les sols gelĂ©s, la cachette d’une grande diversitĂ© de virus gĂ©ants – Nouvelle mise Ă  jour 2023

Nous sommes un petit groupe de professionnels dentaires passionnés qui écrivons des articles pour le public depuis plus de 10 ans. Notre mission est de fournir des informations précises et à jour sur la santé bucco-dentaire afin que les gens puissent prendre des décisions éclairées concernant leurs soins dentaires.
Nous savons qu’une excellente santĂ© bucco-dentaire est essentielle pour la santĂ© et le bien-ĂȘtre en gĂ©nĂ©ral, et nous nous engageons Ă  aider nos lecteurs Ă  atteindre et Ă  maintenir des dents et des gencives saines.

DĂ©couverts il y a une vingtaine d’annĂ©es, les virus gĂ©ants se sont rĂ©vĂ©lĂ©s particuliĂšrement abondants dans les milieux aquatiques, notamment marins. La gĂ©nomique environnementale les rĂ©pertoriait toutefois difficilement dans les environnements plus riches et complexes comme le sol. Une Ă©tude publiĂ©e dans la revue Nature Communications lĂšve le voile sur leur grande diversitĂ© et leur abondance dans le pergĂ©lisol. Ces analyses ont permis de reconstituer des sĂ©quences gĂ©nomiques complĂštes de virus (Un virus est une entitĂ© biologique qui nĂ©cessite une cellule hĂŽte, dont il utilise…) gĂ©ants enfouis dans le sol gelĂ© datant de 42 000 ans.

vignette site 1
Arbre phylogĂ©nĂ©tique de sĂ©quences mĂ©tagĂ©nomiques virales issues d’Ă©chantillons de pergĂ©lisol et reprĂ©sentation de particules virales de rĂ©fĂ©rence. Les Pithoviridae, des virus gĂ©ants particuliĂšrement divers et abondants dans le pergĂ©lisol sont reprĂ©sentĂ©s en rouge (La couleur rouge rĂ©pond Ă  diffĂ©rentes dĂ©finitions, selon le systĂšme chromatique dont on fait…) sur la phylogĂ©nie.
© Sofia Rigou et Matthieu Legendre

Parmi les nombreux virus prĂ©sents sur Terre (La Terre est la troisiĂšme planĂšte du SystĂšme solaire par ordre de distance…), certains sont dits “gĂ©ants” car la taille de leurs particules est comparable Ă  celle de bactĂ©ries (Les bactĂ©ries (Bacteria) sont des organismes vivants unicellulaires procaryotes, caractĂ©risĂ©es…), et leur gĂ©nome (Le gĂ©nome est l’ensemble du matĂ©riel gĂ©nĂ©tique d’un individu ou d’une…) aussi riche en gĂšnes que certaines cellules eucaryotes, comme les microsporidies. L’essor de la gĂ©nomique (La gĂ©nomique est une discipline de la biologie moderne. Elle Ă©tudie le fonctionnement…) environnementale de ces derniĂšres annĂ©es a mis en lumiĂšre (La lumiĂšre est l’ensemble des ondes Ă©lectromagnĂ©tiques visibles par l’Ɠil…) l’abondance de ces virus dans les environnements aquatiques, en particulier marins, oĂč ils semblent jouer un rĂŽle majeur dans la rĂ©gulation (Le terme de rĂ©gulation renvoie dans son sens concret Ă  une discipline technique, qui se…) des populations planctoniques. Ils pourraient mĂȘme intervenir dans ces Ă©cosystĂšmes en reprogrammant l’activitĂ© (Le terme d’activitĂ© peut dĂ©signer une profession.) mĂ©tabolique des cellules qu’ils infectent. Mais si les Ă©tudes de “mĂ©tagĂ©nomique” (analyse collective des gĂšnes) ont permis de dĂ©crire l’abondance et la diversitĂ© des virus gĂ©ants dans la mer (Le terme de mer recouvre plusieurs rĂ©alitĂ©s.), elles ont livrĂ© jusqu’alors peu de renseignements sur cette population virale particuliĂšre prĂ©sente dans les sols, se heurtant Ă  la complexitĂ© (La complexitĂ© est une notion utilisĂ©e en philosophie, Ă©pistĂ©mologie (par…) de ces milieux et Ă  la difficultĂ© d’identifier ces virus en l’absence d’un marqueur molĂ©culaire spĂ©cifique.

On suppose nĂ©anmoins qu’ils sont prĂ©sents en abondance, puisque des virus gĂ©ants encore infectieux ont d’ores (ORES, l’OpĂ©rateur des RĂ©seaux Gaz & ÉlectricitĂ© est le l’opĂ©rateur des…) et dĂ©jĂ  Ă©tĂ© isolĂ©s Ă  partir d’Ă©chantillons de pergĂ©lisol ancien datant de 30 000 ans.

AprĂšs avoir cataloguĂ© l’ensemble (En thĂ©orie des ensembles, un ensemble dĂ©signe intuitivement une collection…) des populations microbiennes dans diffĂ©rents Ă©chantillons de pergĂ©lisol, les scientifiques se sont focalisĂ©ss’est focalisĂ©e sur la prĂ©sence de virus gĂ©ants dans ces mĂȘmes Ă©chantillons, grĂące Ă  la mise au point (Graphie) d’une mĂ©thode permettant de sĂ©parer les sĂ©quences gĂ©nomiques virales des sĂ©quences provenant d’organismes cellulaires. L’analyse de ces donnĂ©es (Dans les technologies de l’information (TI), une donnĂ©e est une description Ă©lĂ©mentaire, souvent…) montre que les virus gĂ©ants prĂ©sentent une grande diversitĂ© dans ce type de milieu et y sont Ă©galement trĂšs abondants, reprĂ©sentant jusqu’Ă  12% de l’ADN sĂ©quencĂ© dans un Ă©chantillon (De maniĂšre gĂ©nĂ©rale, un Ă©chantillon est une petite quantitĂ© d’une matiĂšre, d’information, ou…). Fait rare en mĂ©tagĂ©nomique, cette abondance a mĂȘme permis la reconstruction du gĂ©nome complet d’un nouveau virus prĂ©historique (datant de 42 000 ans) de la famille des Pithoviridae, baptisĂ© Hydrivirus. Son gĂ©nome a une taille record de 1,6 Mb.

Note:
Cette Ă©tude ouvre la voie Ă  de futurs (Futurs est une collection de science-fiction des Éditions de l’Aurore.) travaux permettant de comprendre le rĂŽle que peuvent jouer les virus gĂ©ants, en particulier les [i]Pithoviridae
, dans ce type d’Ă©cosystĂšme complexe.[/i]

Pour en savoir plus:
Past and present giant viruses diversity explored through permafrost metagenomics.
Rigou, S., Santini, S., Abergel, C., Claverie J.M., Legendre M.
Nature Communications, Nat Commun 13, 5853 (2022). https://doi.org/10.1038/s41467-022-33633-x

Laboratoire:
Laboratoire information gĂ©nomique et structurale – IGS (CNRS/UniversitĂ© Aix-Marseille)
Institut de microbiologie (La microbiologie est une sous-discipline de la biologie basĂ©e sur l’Ă©tude des…) de la MĂ©diterranĂ©e – IMM. 163 Avenue (Une avenue est une grande voie urbaine. Elle est en principe plantĂ©e d’arbres, et conduit Ă  un…) de Luminy – case 934. 13288 Marseille cedex 09.

Contact:
Matthieu Legendre – Chercheur (Un chercheur (fem. chercheuse) dĂ©signe une personne dont le mĂ©tier consiste Ă  faire de la…) CNRS (Le Centre national de la recherche scientifique, plus connu sous son sigle CNRS, est le plus grand…) au laboratoire Information gĂ©nomique et structurale (IGS) – legendre@igs.cnrs-mrs.fr

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